Majelis Wali Amanat (MWA) merupakan unsur penyusun kebijakan yang menjalankan fungsi penetapan, pertimbangan pelaksanaan kebijakan umum, dan pengawasan nonakademik. Majelis Wali Amanat (MWA) mempunyai tugas dan wewenang:

1. menyetujui usul perubahan Statuta UNJ;
2. menetapkan kebijakan umum nonakademik UNJ;
3. menetapkan rencana pengembangan jangka panjang, rencana strategis, dan rencana kerja dan anggaran tahunan;
4. menetapkan norma dan tolok ukur kinerja UNJ;
5. melakukan penilaian tahunan atas kinerja Rektor;
6. memilih, mengangkat, melantik, dan memberhentikan Rektor;
7. mengangkat dan memberhentikan ketua dan anggota KA;
8. melaksanakan pengawasan dan pengendalian umum atas pengelolaan nonakademik UNJ;
9. membina jejaring dengan institusi dan/atau individu di luar UNJ;
10. memberikan pertimbangan dan pengawasan dalam rangka mengembangkan kekayaan dan menjaga kesehatan keuangan UNJ;
11. membuat keputusan tertinggi terhadap permasalahan yang tidak dapat diselesaikan oleh Rektor dan/atau SAU; dan
12. menyusun dan menyampaikan laporan tahunan kepada Menteri bersama Rektor.