UNJ memiliki lambang terdiri dari 5 (lima) pasang sayap dan ekor burung elang bondol, tugu monumen nasional dengan lidah api 3 (tiga) lapis, dan pena di dalam bingkai 5 (lima) kelopak bunga Teratai yang mengandung arti: 

• Ekor elang bondol melambangkan penyelenggaraan Pendidikan di UNJ berbasis tridharma perguruan tinggi; 

• Pena melambangkan torehan berbagai karya dan prestasi dalam berbagai bidang oleh Sivitas Akademika UNJ; 

• 5 (lima) pasang sayap elang bondol yang sedang mengembang melambangkan pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi secara terus menerus berlandaskan Pancasila; 

• Tugu monumen nasional melambangkan keteguhan dan kekokohan dalam membangun kecerdasan dan martabat bangsa; 

• 3 (tiga) lidah api melambangkan UNJ menerangi dan meningkatkan setinggi mungkin kehidupan, kemaslahatan, dan peradaban manusia sebagai karya tridharma; 

• 5 (lima) kelopak bunga teratai melambangkan bingkai Negara Kesatuan Republik Indonesia yang terus menerus berkembang mewujudkan cita-cita bangsa berdasarkan Pancasila; 

• Warna kuning melambangkan keluhuran budi dan kecemerlangan; 

• Warna hijau melambangkan ketenangan dan kesuburan; 

• Warna merah melambangkan gairah dan semangat membara; dan 

• Tulisan Intelligentia~Dignitas berarti mencerdaskan dan memartabatkan.